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研究報告書 / Research Paper(1) |
| 公開日 |
2015-10-30 |
| タイトル |
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タイトル |
拡張アンサンブル混合法による蛋白質フォールディング過程の研究 |
| その他（別言語等）のタイトル |
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その他のタイトル |
A hybrid extended ensemble simulation study on the folding process of proteins |
| 著者 |
米澤, 康滋
菊川, 豪太
藤澤, 雅夫
吉田, 久
橘, 秀樹
赤坂, 一之
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| 言語 |
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言語 |
jpn |
| キーワード |
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主題 |
蛋白質, 分子シミュレーション, 拡張アンサンブル法 |
| 資源タイプ |
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資源タイプ識別子 |
http://purl.org/coar/resource_type/c_18ws |
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資源タイプ |
research report |
| 著者(英) |
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言語 |
en |
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値 |
YONEZAWA, Yasushige |
| 著者(英) |
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言語 |
en |
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値 |
KIKUGAWA, Gouta |
| 著者(英) |
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言語 |
en |
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値 |
FUJISAWA, Masao |
| 著者(英) |
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言語 |
en |
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値 |
YOSHIDA, Hisashi |
| 著者(英) |
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言語 |
en |
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値 |
TACHIBANA, Hideki |
| 著者(英) |
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言語 |
en |
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値 |
AKASAKA, Kazuyuki |
| 著者 所属 |
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値 |
近畿大学先端技術総合研究所; 教授 |
| 著者 所属 |
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値 |
東北大学; 講師 |
| 著者 所属 |
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値 |
近畿大学生物理工学部; 教授 |
| 著者 所属 |
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値 |
近畿大学生物理工学部; 教授 |
| 著者 所属 |
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値 |
近畿大学生物理工学部; 教授 |
| 著者 所属 |
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値 |
近畿大学先端技術総合研究所; 客員教授 |
| 著者所属(翻訳) |
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値 |
Kinki University |
| 著者所属(翻訳) |
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値 |
Tohoku University |
| 著者所属(翻訳) |
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値 |
Kinki University |
| 著者所属(翻訳) |
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値 |
Kinki University |
| 著者所属(翻訳) |
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値 |
Kinki University |
| 著者所属(翻訳) |
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値 |
Kinki University |
| 著者 役割 |
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値 |
研究代表者 |
| 著者 役割 |
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値 |
研究分担者 |
| 著者 役割 |
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値 |
研究分担者 |
| 著者 役割 |
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値 |
研究分担者 |
| 著者 役割 |
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値 |
連携研究者 |
| 著者 役割 |
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値 |
連携研究者 |
| 著者 外部リンク |
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関連名称 |
https://kaken.nii.ac.jp/d/r/40248753.ja.html |
| 著者 外部リンク |
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|
関連名称 |
https://kaken.nii.ac.jp/d/r/90435644.ja.html |
| 著者 外部リンク |
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|
関連名称 |
https://kaken.nii.ac.jp/d/r/20258065.ja.html |
| 著者 外部リンク |
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|
関連名称 |
https://kaken.nii.ac.jp/d/r/50278735.ja.html |
| 著者 外部リンク |
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|
関連名称 |
https://kaken.nii.ac.jp/d/r/70126118.ja.html |
| 著者 外部リンク |
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|
関連名称 |
https://kaken.nii.ac.jp/d/r/50025368.ja.html |
| 版 |
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出版タイプ |
VoR |
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出版タイプResource |
http://purl.org/coar/version/c_970fb48d4fbd8a85 |
| 出版者 名前 |
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出版者 |
近畿大学 |
| 書誌情報 |
科学研究費助成事業研究成果報告書 (2014. )
p. 1-5,
発行日 2014-01-01
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| 抄録 |
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内容記述タイプ |
Abstract |
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内容記述 |
研究成果の概要（和文): 代表的な拡張アンサンブル法であるMETADとMCMDを効率良く融合したハイブリッド法によって蛋白質の複雑な構造空間を探索するアルゴリズムを, 研究代表者が独自に開発した分子シミュレーションプログラムに実装した. さらに高速な分子動力学シミュレーションを実現しサンプリング能力を飛躍的に高める長距離相互作用ポテンシャルの開発に成功して独自開発プログラムに実装した. さらにこれらの手法を様々な生体高分子系に応用してその性能を詳細に検証した. その結果, 特にMETADに代表されるタブーサーチ法などの構造空間探索能力は, 予め設定された反応座標に強く依存することを明確に示した. 研究成果の概要（英文): We have applied our extended ensemble simulation, MCMD-METAD hybrid method to the several typical issues of protein simulations. Our method has a remarkable advantages against old similar methods, providing clear convergence property. We implemented the method to our molecular dynamics simulation program. Moreover, we then developed a novel long-range potential which significantly accelerates simulations. We implemented it to our simulation program, evaluating properties of several bio-systems. As a results, we found that the search ability of taboo like method, such as METAD, is strongly depend on the pre-determined reaction coordinate. This suggests the good reaction coordinate determination is of paramount importance for protein simulation studies. |
| 内容記述 |
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内容記述タイプ |
Other |
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内容記述 |
研究種目：基盤研究(C); 研究期間：2012～2014; 課題番号：24570189; 研究分野：生物物理; 科研費の分科・細目： |
| 資源タイプ |
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内容記述タイプ |
Other |
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内容記述 |
Research Paper |
| フォーマット |
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内容記述タイプ |
Other |
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内容記述 |
application/pdf |
KAKEN_24570189seika.pdf (94.0 kB)
