@article{oai:kindai.repo.nii.ac.jp:00018295,
 author = {島田, 良美 and 芦田, 久},
 issue = {38},
 journal = {近畿大学生物理工学部紀要, Memoirs of the Faculty of Biology-Oriented Science and Technology of Kindai University},
 month = {Oct},
 note = {[Abstract]’Narezushi’ is a Japanese traditional fermented food made of salted raw fish and cooked rice. We surveyed microbial community of four independent narezushi of mackerel (three samples) and saury (one sample) from Wakayama Prefecture, western Japan, by 16S ribosomal RNA gene sequencing. V4 region (254bp) of the gene was amplified by PCR using barcoded primers and sequenced by Illumina MiSeq. Qualified sequences were clustered into total 150 operational taxonomy units (OTUs) with the threshold of 97% identity, and actual OTU numbers observed in each sample were between 127 and 141. These OTUs were classified at the genus level using Ribosomal Database Project (RDP) classifier, and further assigned to species by the BLAST search. In all samples, Lactobacillales was dominant (86-93% analyzed sequences), confirming favorable lactic acid fermentation. The most abundant OTU was the same in all samples, which is represented by Lactobacillus sakei, L.graminis, L.curvatus, L.plantarum, and L.brevis. By contrast, the second most abundant OTU was represented by different coccus in each sample, such as Leuconostoc pseudomesenteroides, Pediococcus pentosaceus and Lactococcus lactis subsp. lactis. Small numbers of possible pathogens and putrefactive bacteria, such as Yersinia, Aeromonas, Vibrio and Acinetobacter, were also detected.
[要旨]本なれ鮓は、塩漬けにした生の魚肉を米飯とともに発酵させた日本の伝統食品である。和歌山県産のサバ本なれ鮓（３試料）とサンマ本なれ鮓（１試料）の合計４試料について、メタゲノム解析により菌叢を明らかにした。16SリボソームRNA遺伝子V4領域の254塩基対を、試料識別のためのバーコードを含むプライマーを用いたPCRにより増幅させ、イルミナMiSeqシステムでシークエンスした。各試料から得られた十分な数の良質なシークエンスデータについて、相同性の閾値を97%に設定しクラスタリングしたところ、合計150のOTU（operational taxonomy unit）が構築された。各試料に含まれるOTU数は127～141の範囲で、試料間に有意な差は無かった。これらのOTUをRDP（Ribosomal Database Project）classifierにより属レベルで同定し、さらにBLASTにより種レベルの同定を試みた。全ての試料において、乳酸菌目Lactobacillalesが総リードの86－93%を占めており、良好な乳酸発酵が示唆された。最も優勢なOTUは、いずれの試料においてもLactobacillus sakei、L. graminis、L.curvatus、L.plantarum、L.brevisに代表されるものであった。一方、次に優勢なOTUは試料間で異なり、Leuconostoc pseudomesenteroides、Pediococcus pentosaceus、Lactococcus lactis subsp. lactis などの乳酸球菌がそれぞれ代表種であった。また、ごく少数ながら、Yersinia、Aeromonas、Vibrio、Acinetobacterなどの腐敗菌や食中毒菌のDNAが検出された。, application/pdf},
 pages = {1--10},
 title = {〈Original Papers〉Microbial diversity of 'narezushi' from Wakayama Prefecture, western Japan},
 year = {2016},
 yomi = {シマダ, ヨシミ and アシダ, ヒサシ}
}